Türkiye profesyonel ligindeki kariyerine 1987 yılında Sakaryaspor'da başlamış, 1990 yılına kadar aynı kulüpte top koşturmuştur, bu sürede 10 gol atmıştır. 11 gol attığı Bursaspor'da 1992 yılına kadar oynadıktan sonra. 1992 sezonundan itibaren unutulmaz Galatasaraylı günleri başlamıştır. 1995 yılına kadar rakip kaleleri 54 kez havalandırmıştır, kısa bir süre Torino macerasından sonra takımına geri dönerek 2000 yılına kadar 150'ye yakın maçta 119 gol atmıştır. 2002 yılına kadar Inter Milan'da oynadıktan sonra, sırasıyla Parma ve Blackburn Rovers sahalarında da top koşturmuştur. 2003 yılında yeniden döndüğü sarı kırmızı takımdan 2007-2008 sezonu sonunda ayrılmıştır. Bu süre içinde 8 kez lig şampiyonluğu, 6 kez Türkiye kupası şampiyonluğu yaşamıştır.
Hakan, Galatasaray'ın, Milli takımın, Türkiye Futbol Ligi'nin ve Türk Futbol Tarihi'nin en fazla gol atan golcüsüdür.
Sakaryaspor, Bursaspor, Torino, Inter, Parma, Blackburn Rovers, Galatasaray ve Milli takım formalarıyla 395 gole imza atan Hakan Şükür, bunların 249'unu Türkiye Liglerinde kaydetmiştir. Avrupa kuplarında 22 golle kırılması güç bir rekora imza atmıştır. 2000 yılında Uefa kupasını kazanan efsane kadronun vazgeçilmez isimlerinden biridir.
Ödülleri arasında, 1997- FIFA dünyanın en iyi golcüsü, FIFA dünya gol kralı Bronz Ayakkabı, 1998-Gümüş ayakkabı, 1996-1999 yılları arasında 3 kez Türkiye Ligi Gol Kralı, 1999-2000 Avrupa Kupaları Gol Kralı bulunmaktadır.